Hiện nay, INEST đang có quan hệ hợp tác về nghiên cứu khoa học và đào tạo với các đơn vị sau:
- CRES Đại học khoa học tự nhiên, ĐHQG Hà Nội
- CEETIA Đại học xây dựng Hà Nội
- CEEFINEA Đại học Quốc gia TPHCM
- Đại học Quy Nhơn
- Đại học Thái Nguyên
- Đại học Hàng Hải Hải Phòng
- ECO, SEEN,..
