Các đối tác quan trọng trong hợp tác quốc tế của Viện Khoa học và Công nghệ Môi trường:
- Đại học Zittau (CHLB Đức),
- Đại học Bách khoa Lahti (Phần Lan),
- Đại học Khoa học ứng dụng Basel (FHBB, Thuỵ Sỹ),
- Đại học Kyoto (Nhật Bản),
- AIST (Nhật bản),
- AIT (Thái Lan),
- Mạng lưới đạI học ASEAN,
- KIGAM Viện Tài nguyên và Khoáng sản Hàn quốc
- Các tổ chức quốc tế WHO, UNEP, UNIDO, JICA...
Một số dự án hợp tác quốc tế điển hình có thể được liệt kê sau đây:
1. Dự án Trung tâm Sản xuất Sạch Việt Nam, được quản lý bởi UNIDO và tài trợ bởi Chính phủ Thụy Sĩ thông qua SECO, được tiến hành từ năm 1998 đến nay.
2. Phòng thí nghiệm Nghiên cứu tái chế, nằm trong khuôn khổ của dự án hợp tác giữa INEST và Viện Tài nguyên Khoáng sản Hàn Quốc (KIGAM).
3. Văn phòng hợp tác về Đào tạo và Nghiên cứu, dự án hợp tác giữa trường Đại học Bách Khoa Hà Nội và trường Đại học Kyoto trong giai đoạn 2008-2013.
4. Dự án nghiên cứu "Phát triển công nghệ tái chế chất thải điện và điện tử", dự án hợp tác giữa INEST và KIGAM trong giai đoạn 2006-2010.
5. Dự án Nghiên cứu hợp tác về "Đánh giá khuôn khổ chính sách và năng lực thể chế ở Việt Nam nhằm tăng cường chất lượng môi trường trong quá trình hội nhập khu vực", dự án hợp tác giữa INEST và Viện Chiến lược Môi trường Toàn cầu (IGES), Nhật Bản, từ năm 2005-2008.
6. Dự án "Đánh giá tiềm năng tiết kiệm năng lượng, nhiên liệu và đề xuất các giải pháp giảm thiểu khí thải ngành chế biến thực phẩm", dự án hợp tác với Chương trình Không khí sạch Việt Nam- Thụy Sĩ, năm 2008.
7. Dự án "Đánh giá các nhân tố phát tán của các hợp chất hữu cơ bền vững (POP) từ các nguồn thải liên quan đến năng lượng", dự án hợp tác với Viện Công nghệ Châu Á (AIT) với tài trợ của SIDA.
8. Dự án "Cải thiện chất lượng môi trường không khí tại các quốc gia đang phát triển Châu Á" trong khuôn khổ chương trình nghiên cứu khu vực Châu Á về Kỹ thuật Môi trường, dự án hợp tác với AIT với sự tài trợ của SIDA.
