Hoạt động hợp tác trong nước và quốc tế rất được Viện quan tâm xây dựng nhằm thường xuyên tiếp cận với xu thế phát triển ngành kỹ thuật môi trường trên thế giới, tăng cường hợp tác đào tạo, nâng cao trình độ chuyên môn cho cán bộ. Hoạt động hợp tác quốc tế của Viện rất đa dạng như: trao đổi cán bộ, tiến hành hợp tác nghiên cứu, thực hiện các đề tài nghiên cứu khoa học, thiết lập các phòng thí nghiệm phối hợp, hợp tác đào tạo phối hợp Thạc sỹ, Tiến sỹ, v.v.
