Viện Khoa học và Công nghệ Môi trường bắt đầu đào tạo Thạc sĩ từ năm 1993 và đào tạo Tiến sĩ từ năm 1995. Trong suốt quá trình đó, đã có gần 300 thạc sĩ và 30 tiến sĩ được đào tạo. Đội ngũ chuyên gia này đã tham gia phục vụ cho sự nghiệp bảo vệ môi trường trên toàn quốc, từ khu công nghiệp, nhà máy tới các xí nghiệp liên doanh và các Viện nghiên cứu cũng như cơ quan quản lý môi trường các cấp, đặc biệt là trong lĩnh vực môi trường công nghiệp.