Hiện nay, Viện Khoa học và Công nghệ Môi trường đang đào tạo hai chuyên ngành Công nghệ Môi trường và Quản lý Môi trường theo chương trình khung đào tạo ngành Kỹ thuật môi trường của Bộ Giáo dục và Đào tạo. Khóa sinh viên thứ 52 (2007 - 2011), Viện chuyển sang đào tạo theo hệ thống tín chỉ với tên gọi là ngành Kỹ thuật Môi trường, trong đó chia thành 2 chuyên ngành: chuyên ngành Kỹ thuật Môi trường và chuyên ngành Công nghệ và Quản lý Môi trường. Từ khoá sinh viên K54, Viện chỉ đào tạo các hệ cử nhân 4 năm Kỹ Thuật Môi trường, kỹ sư 5 năm của các chuyên ngành Công nghệ Môi trường và Quản lý Môi trường.
Kể từ khóa sinh viên đầu tiên (K35), đến nay, Viện Khoa học và Công nghệ Môi tường đã đào tạo hơn 1.100 sinh viên chuyên ngành Công nghệ Môi trường và Quản lý Môi trường. Kỹ sư ngành Môi trường của Đại học Bách Khoa Hà Nội đã trở thành một thương hiệu có uy tín được nhiều đơn vị có nhu cầu đặt hàng.
