Viện Khoa học và Công nghệ Môi trường được được tổ chức gồm nhiều bộ môn, đơn vị:
Các bộ môn:
Bộ môn Công Nghệ Môi Trường
Bộ môn quản lý môi trường
Phòng thí nghiệm R&D
Các trung tâm:
Trung tâm sản xuất sạch
Trung Tâm quan trắc và kiểm soát ô nhiễm môi trường công nghiệp
Các công ty thuộc Viện:
Công ty Cổ phần Công nghệ thân thiện Môi trường Bách Khoa (BKEST)
Công ty TNHH Trung tâm Sản xuất Sạch Việt Nam
